Trotz aller Vorbeuge können Tier krank werden. Um eine Ausbreitung von bakteriellen Infektionen im Tierbestand zu verhindern, muss die Krankheit schnell erkannt und behandelt werden. Das gilt unabhängig von der Bestandsgröße. Viele kleine Bestände müssen im Krankheitsfall genauso behandelt werden wie wenige große. Antibiotika werden ausschließlich nach Diagnose und auf Anweisung durch den Hoftierarzt eingesetzt, und zwar so wenig wie möglich und so viel wie nötig. Jede Arzneimittelgabe und jede Behandlung wird in einem Bestandsbuch dokumentiert. Der Einsatz von Antibiotika zur Leistungsförderung ist in der EU verboten. Wie viel Antibiotikum und welche Wirkstoffe in der Schweinehaltung zur Anwendung kommen (einzelbetrieblich und insgesamt), wird seit 201 #_msocom_1behördlich und bereits seit September 2012 im Rahmen des QS-Programms erfasst. Exakte Angaben hierzu liegen bislang nur in Form einzelbetrieblicher Dokumentationen vor.

Der Zweck des sogenannten Antibiotikamonitorings (staatlich und im QS-Programm) besteht darin, einen Betriebsvergleich zu ermöglichen. Betriebe mit relativ hohem Antibiotikabedarf müssen Maßnahmen ergreifen, um die Menge zu reduzieren.

Derzeit müssen die Antibiotikaanwendungen in zwei Datenbanken gemeldet werden: eine staatliche und eine privatwirtschaftlich organisierte Datenbank.