Fast ausnahmslos handelt es sich bei den Futtermitteln um Naturprodukte, die auf dem Feld sowohl der Luft als auch dem Boden, dem Wasser und der Witterung ausgesetzt sind.
Hiermit sind Risiken einer Schadstoffkontamination aus der natürlichen Umwelt, aus Pflanzenkrankheiten, aus schlechten Erntebedingungen sowie aus dem Trocknungs- und Herstellungsverfahren verbunden. Schweine sind Allesfresser, so dass eine Fülle verschiedener Futterkomponenten Verwendung finden kann.
Neben Getreide und Mais als Haupt-Futterkomponenten werden oft Koppelprodukte der Nahrungsmittelindustrie eingesetzt, die z. B. bei der Ölgewinnung anfallen (Soja-, Raps-, Tapiokaschrot). Durch Eigenkontrollen im Rahmen des QS-Systems wird die Futter- und Lebensmittelsicherheit systematisch überwacht.
Mit hochempfindlichen Laborverfahren können kleinste Spuren von Schadstoffen nachgewiesen werden.
Es kann sich immer nur um Stichproben handeln, so dass es niemals eine 100%-ige Sicherheit gibt. Auch wird i.d.R. nur auf bekannte Schadstoffe (Risiken) untersucht.
Das QS-System gewährleistet eine schnelle Rückverfolgbarkeit von Warenströmen, so dass die Verbreitung belasteter Ware in kürzester Zeit nachvollzogen werden kann.